A partir del año 2008, el CECs es beneficiario de fondos provenientes del Programa de Financiamiento Basal de CONICYT, programa que a la fecha es su principal fuente actual de financiamiento institucional.

Para el CECs, el PFB constituye una fuente estructural y estratégica de recursos económicos, pues ha permitido al Centro planificar iniciativas de mediano plazo y de una escala que es inaccesible a través de los medios tradicionales de financiamiento que regulan la comunidad científica. Este flujo constante y predecible de recursos nos permite imponernos metas más ambiciosas y estrategias más audaces para el desarrollo de la ciencia.

En lo medular, nuestro plan de desarrollo supone (i) contribuir activamente a empujar la frontera de la ciencia básica en las tres áreas de investigación del CECs; Física, Biología y Glaciología   (ii) desarrollar un programa de ciencia aplicada para transformar el conocimiento en productos y servicios relevantes para el emprendimiento público y privado (iii) adecuar y modernizar la gestión y el financiamiento del centro a un rango de actividades más complejo, manteniendo la flexibilidad, la solidaridad interna y la falta de burocracia, que han sido clave para el desempeño y los logros alcanzados por el CECs.

Desde el año de adjudicación de los fondos del Programa de Financiamiento Basal y hasta la fecha, el CECs levanta recursos de apalancamiento provenientes de otras fuentes públicas y privadas, nacionales e internacionales, por sumas equivalentes a las que aporta el Estado a través de este programa.